有机肥在发酵过程中常用到的两种方式。生产有机肥时所使用的原料发酵方主要有两种，一种是好氧发酵，另一种是厌氧发酵。一般来说，在制肥料或基质时，好氧发酵其发酵强度和均匀程度均远优于厌氧发酵。厌氧发酵是在特定的密闭条件下进行的，如，制作沼气，或因高度缺氧，一些兼性微生物被迫厌氧发酵（特殊专性厌氧微生物除外）。好氧发酵条件要求相对较宽松，发酵较均匀，在发酵过程中可露天也可室内放置，发酵功能强大，产物外观内质均优。