研究表明，温度管理对有机肥发酵的速率和产品的质量有重要影响。温度管理必须使有机肥原料的温度保持在50~55℃以上5~7天，符合微生物无害化标准要求，是最重要的生产管理项目。

影响温度管理的因素通常是通风和翻转。有机肥原料的调节适用于放入发醇设施后，堆体温度的变化可以通过通风和翻转来控制。

根据不同的温度，有机肥的发酵过程分为三个阶段：低温期、高温期、减温期（保温期）。

低温期，温度为20℃--35℃左右。此时，中温微生物繁殖旺盛，有机肥原料开始分解。分解过程中产生的热量不断提高有机肥发酵原料的堆积温度，使发酵过程进入下一阶段。

高温期，温度为40℃~70℃左右。此时，微生物菌群大量繁殖，大大加速了有机肥原料的分解发酵速度。在这个阶段，原料中的幼虫逐渐被杀死。随着热量的积累，当温度超过70℃之后，低温微生物细菌会死亡，高温细菌的活性也会降低，发酵速度也会减慢。有机肥发酵原料一般堆放，避免温度过高导致发酵速率减慢。

随着发酵过程的结束，降温期（保温阶段）。醇堆的温度逐渐降低，直到略高于室温，然后密封储存。